Η πολιτική του Ιδρύματος για την Διασφάλιση Ποιότητας και η στρατηγική εφαρμογής της υλοποιούνται μέσω της Μονάδας Διασφάλισης Ποιότητας (ΜΟ.ΔΙ.Π) ΕΚΠΑ. Η ΜΟ.ΔΙ.Π ΕΚΠΑ αποτελεί όργανο της κεντρικής διοίκησης του ΕΚΠΑ και λειτουργεί ως αυτοτελές Γραφείο – Μονάδα το οποίο υπάγεται στις Αρμοδιότητες του Γραφείου Πρύτανη ή του Γραφείου του εκάστοτε Αναπληρωτή Πρύτανη / Αντιπρύτανη Ακαδημαϊκών Υποθέσεων.
Η Μονάδα αποτελεί δομή του ιδρύματος, και δημιουργήθηκε στις 24 Ιουλίου 2008 με σκοπό την οργάνωση, τον συντονισμό και την υλοποίηση των διαδικασιών Αξιολόγησης και Διασφάλισης Ποιότητας σε πλήρη εναρμόνιση και συμφωνία με τις απαιτήσεις του θεσμικού πλαισίου που ισχύει στην Ελλάδα (Ν. 3374/2005, Ν.4009/2011, Ν.4485/2017).
Η ΜΟ.ΔΙ.Π ΕΚΠΑ έχει την ευθύνη για την οργάνωση και εφαρμογή στο Ίδρυμα του Εσωτερικού συστήματος Διασφάλισης Ποιότητας (ΕΣΔΠ), με συγκεκριμένες αρχές, κριτήρια, κανονισμούς και διαδικασίες συντήρησης και διαρκούς βελτίωσης. Επίσης είναι υπεύθυνη για την παρακολούθηση και τον έλεγχο της ποιοτικής λειτουργίας του ιδρύματος σε όλα τα επίπεδα.